بشر ابتدا در عوالم طبیعت بحث و کاوش می کند که این غریزه و فطرت او است که می خواهد بر همه چیز آگاه شود و به سِرِ آنها دست پیدا کند و به تمام تار و پود و خواص و آثارش برسد و اگر طوری شد که سراغ دانشمندای را گرفت و شتابان خود را به او رساند به این معنی است که کتاب و رسانه علمی که یافته است آن را استنساخ یا تلخیص می کند که استنساخ به معنی نسخه برداری است که در قدیم انسانها به هر قیمتی هم که بود به سراغ علم می رفتند ولی امروزه ما انسانها وقت مطالعه نداریم و عمرهایمان بی برکت شده است. مرحوم خواجه طوسی یک شرحی بر اشارات دارد که از آغاز تا پایان حواشی بسیار دارد و همچنین کتاب اسفار آخوند ملاصدرا و کتب دیگرش به نام (( دُروسُ الوَقتُ وَ القبله )) است و دروس دیگری به نام اوباح و اعداد و حروف که تا کنون به هفتاد و پنج درس رسیده است و یا الاّحِده رساله ای که در صدر مقاله ها نوشته شده است و رساله ای مبسوط و مفصل در اتحاد عاقل و معقول نگاشته شده است که کتاب قطوری است که کتاب سال شد و کتاب دیگری هم هست که کتاب قرن است که عیون المسائل النفس است که درباره دروس تخصصی معرفت نفس است. انسان از زمانیکه چشم به جهان می گشاید و سرای هستی را تماشا می کند دوست دارد که با حقیقت هر ذره آن آشنا شود مثلا این که باران چگونه به وجود می آید و صاعقه چیست و.. که شیخ الرئیس در طبیعیات شفاء بسیار درباره این مسائل بحث کرده اندچون مثل اشارات است و 10 نَمطی که دارد از طبیعیات و مسائل طبیعی ریاضی شروع می شود و به مسائل انسانی ختم می شود مثلا نمط چهارم در وجود است و نمط هشتم در بهجت و لذت است و نمط نهم مقامات عارفان است که همه اینها از علوم مختلف در این کتاب جمع شده است و در مورد طبیعیات هم همینطوراست چون علم های درونش مثل فیزیک، شیمی و ریاضیات یک علمهای نا محدود هستند و انسان هر چه قدر در مورد اینها مطلب گردآوری کند باز هم نمی تواند به علم کامل اینها دست پیدا کند که قرآن می فرماید: (( وَ ما اُوتیتم مِن العِلم اِلّا قلیلا ))ما علم به شما ندادیم مگر اندکی از آن را و همه این میلیون ها جلد کتابی که نوشته شده درباره خلقت خداست و آن مقدار که انسان علم کسب کرده در حقیقت تشنگی بشر را می رساند که حدی ندارد و روحیه دانش خواهی اش متوقف نمی شودکه بی نهایت علم را می رساند که حکیم ابوحاتم مظفر اسفزاری در اواخر قرن پنجم هجری رساله ی وجیز و عزیز در کائنات جبر را نوشته است و یا عمر بن صحلان ساوجی، محمد مسعود مروزی، ابوریحان بیرونی و خواجه نصیرالدین طوسی هریک کتابی در خواص محدنیات و جواهر نفیسه نوشته اند که نام کتاب ابوریحان الجواهر فی معرفته الجواهر و نام کتاب خواجه تنسوخ نامه ایلخانی است و همچنین دانشمندانی هم به نام ابن ندیم و حاجی خلیفه بودند و آثارشان به ترتیب ابن ندیم و کشف الذنون بوده که این دو کتابی هستند که در اینها فهرست کتابهایی که در مورد علوم مختلف نوشته شده بود را داشتند. بحث درک نفس را در طبیعیات آورده اند چون نفس مرتبه نازله روح انسانی به وصف عنوانی مدبّره و متصرف بدن است که عقل مرتبه شامخ آن است و به تعبیر حکیم خیام در درخواست نامه نفس بدون عقل نُبوَدو عقل بدون نفس است حال چه عقل کل و چه نفس کل و چه عقول جزئی باشد. در تقسیم بندی علوم در قدیم، علوم را به چند دسته تقسیم کرده بودند که علوم نظری و علوم عملی را به چند دسته تقسیم کردند و علوم طبیعیات، ریاضیات، معدن شناسی و علوم عملی مثل اخلاق، سیاست و تدبیر منزل و تقسیم علوم یکی از رشته های مهم نظری علوم طبیعیات بود. نفس با اینکه خودش یک موجود مجرد هست ولی در مورد طبیعیات نیست و طبیعی به شمار نمی آید و ما فوق طبیعت است و نفس مرتبه نازله روح انسانی به وصف عنوانی مدبّر و متصرف بدن است بخاطر اینکه روح انسان در مقام شامخ خود از او تعبیر به روح شده و نه تعبیر به نفس آن حقیقت اصلی انسان بر آن نقطه الهیه که قرآن آن را به روح تعبیر کرده است که بزرگان هم به آن روح می گفتند و علت اینکه به آن نفس هم می گویند به خاطر ارتباطی که با بدن پیدا می کند و تعلقی که با بدن دارد اسم آن را نفس گذاشتند و ما باید بدانیم که هر موقع اسم نفس آورده شد بدانیم که حتما منظور جنبه ارتباطی روح است بخاطر اینکه با بدن ارتباط دارد که اگر جدا باشد اسم آن روح می شود چون نفس مرتبه نازله روح است که بعد عبارت (( به وصف عنوانی مدبّر و متصرف بدن )) را به کار بردند که در اینجا منظور همان نفس است که بعد از آن هم کلمه مقام شامخ بدن که یعنی عالی تر از نفس و بالاتر از نفس که مرتبه شامخی دارد را به عقل داده اند. در مورد عقل کل هم تعریفی است که مخرج نفس از نقص به بدن است و در مورد نفس هم که ماورای طبیعت که عالم حیات و علم محض است ولی بخاطر تعلقش به عوالم جسمانی و جسم به آن نفس کل می گویند یعنی ما یک عالم ماوراء طبیعت داریم که عالم ما محسوب می شود و این عالم از آن جهت که به جسم و عالم ماده ارتباط دارد اسم نفس گرفته است و نفس کل یعنی رابطه بدن انسان و روح او یعنی رابطه ماوراء طبیعت رابطه نفس انسان است و روح اسمش روح است اما متعلق به بدن است که اسم آن نفس است و وقتی ارتباط با اجسام پیدا کند اسم آن نفس کل می شودو مافوق نفس کل و عقل کل و همچنین ارواح انسانها به لحاظ تدبیر و تصرف آنها بر بدنها و اضافه و انتساب به آنها، نفوسند و به لحاظ مرحله تعقل، ارواح عقول نامیده شده اند و مراد از نفوس جزئیه و عقول جزئیه این ارواح است پس نفس جزئیه و عقل جزئیه همین نفوس ارواح ما است. انسان از زمین پهن تا آسمان روان موجود ممتدی است و این موجود کذایی دارای ادوار و شئون گوناگون است و به لحاظ مراحل و منازل و مظاهر آثارش اسامی بسیار دارد که این اسامی دلالت بر تعدد وجودی او به تعدد عددی ندارد بلکه دلالت بر تعدد شئونی او دارد یعنی یک شخصیت واحد است و داری چند شخصیت نیست و بدن، خیال، عقل، فوق عقلش یک شخصیت دارد ولی تعدد شئونی دارد و شئون او 5 شأن دارد که شیخ الرئیس در فصل اول من ششم طبیعیات شفاء می گوید: اول چیزی که باید درباره آن سخن بگوییم اثبات وجود چیزی است که آنرا نفس می نامیم و سپس در آنچه که تابع آن است باید تکلم کنیم که ما می گوییم که ما اجسامی را مشاهده می کنیم که حس می کنند و به اراده حرکت می نمایند که این مسئله را باید اینطور گفت که ما اجسامی را مشاهده می کنیم که غذا می گیرند و نِمُو دارند و تولید مثل می کنند و این انفعال آنها از جهت آنها نیست که می خواهد به ما بفهماند که اگر ما حرکتهایی از جسم می بینیم اینها از جهت جسمیت آنها می باشد ولی این انفعال آنها از جهت جسمیت آنها نیست پس باید در ذات هریک آنها مبداء این افعال باشد که آن مبداء غیر از جسمانیت آن است و منظور این است که از آن جهت که این ها جسمند ما اصلا انتظار غذا خوردن، ادراک، اراده و حرکت را داشته باشیم و باید در ذات اجسام مبداء ی این افعال باشد یعنی اراده، رشد و نمو، غذا خوردن باشد و یا تولید مثل که مبداء غیر جسمانیت آنها و چیزی که این افعال از آنها صادر می شود و آن چیزی که این افعالی که ذکر شد از آنها صادر شود بالجمله مبداء صدور افاعیل نیستند و عازم اراده نمی باشند که ما آنرا نفس می نامیم یعنی مخالف اراده نیست و این لفظ نفس اسم این شی است یعنی شی که در موجودات است و آن شی مبداء کارهایی از قبیل تولید مثل و اراده و احساس است و بخاطر این است که مبدا اینها اسمش نفس است و از جهت جوهره باید بگوییم بخاطر اینکه آن نفس، روح است و روح ذاتا یک خصوصیاتی دارد و بخاطر جوهر روح و خود روح اسم اینها را نفس نگذاشتیم و فقط بخاطر ارتباط و اضافه ای که به بدن پیدا کرده اسم آن نفس است و اِلّا اسم آن نفس نیست بلکه اسم آن روح است و بخاطر این است که مبدا این افاعیل است و غرض ما از بیان نفس از آن جهت است که نفس است و به همین لحاظ اضافه به بدن، بحث نفس را در طبیعیات آورده اند چون بدن جزء طبیعیات است به عنوان مثال زید که خود فرد انسان است و چنانچه مثلا تعلق و ارتباط به کِشتی گرفت و متصرف و مدّ بر آن شداو را ناخدا می نامند و روح انسان نیز به لحاظ این اضافه و تعلقش به سفینه بدن، نفس است و به لحاظ ذاتش روح و نفس ناطقه است. جوهر عاری از ماده و احکام آن است که این مثال به عنوان تمثیل است چون بدن مرتبه نازله انسان است و با قطع نظر از نا خدای روان گسیخته و تار و مار می شود و نفس مثل ناخدای روان می باشد و روح هم مثل ناخدا می ماند که کِشتی بدن را در استخدام گرفته است. روح صرف نظر از ارتباطش با عالم ماده موجودی است که در نهایت و قدرت و قرب به خداوند است که قرآن می فرماید: (( لَقَد خَلَقنَا الِانسانَ فی اَحسَنِ تَقویم ثُمَّ رَدَدناهُ اِلی اَسفَل السافلین ))که کلمه اسفل السافلین به معنی از عالم بیچارگی گرفتن است و برای همین هم نفس در همین عوالم و حتی در عالم برزخ هم همینطور است یعنی در اوج پاکی و طهارت و کمالات است و اگر این گرفتاری اش در عالم ماده است این منشاء همه گرفتاریها و بدبختی هایش است و به خاطر همین مسئله به آن مبارزه با نفس می گویند که منظور همان ضمیر ناخود آگاه است که عبارتی هم در قرآن است که می فرماید: (( جاهِدُوا اَنفُسَکُم )) با نفسهایتان جهاد کنید که در اینجا سوالی مطرح می شود که آیا ما روح را از جهت تعلق به بدن نفس می گوییم؟ که جواب این است که روح مجرد از ماده است و حقیقتی است که با ما است و مجرد از ماست ولی بدن را به استخدام گرفته است و این دلیلش این نیست که خودش می خواهد مادی باشد.